FC横滨（Yokohama FC），于1999年成立，当时横滨市两大球会横滨飞翼和横滨水手合并后的第二年，因为横滨水手是横滨飞翼是同城死敌，一些横滨飞翼的球迷不认为自己应该支持合并后的横滨水手，后向公众募捐，成立了横滨Fulie体育会（Yokohama Fulie Sports Club）。然后效仿巴塞罗那采用的社会学模式，在Fulie体育会下成立了FC横滨。这是日本首间由球迷拥有和经营的球会。

　　1999年，FC横滨聘请了前西德国家足球队球星列巴斯基成为经理，奥寺康彦则为成首任主席，奥寺康彦是首位于欧洲职业联赛效力的日本球员。

　　2001赛季，FC横滨获得了参加J2联赛的资格；2006年，FC横滨取得J2冠军，升上J1联赛；但仅一个赛季，就重回J2联赛。2019年，FC横滨获得升级资格，将在14年后再次踏上J1的舞台。